O AUP estrutura-se em cinco grupos de disciplinas, que congregam professores e/ou pesquisadores que desenvolvem atividades dentro de suas áreas de interesse, e são por sua vez diretamente subordinados ao Conselho do Departamento de Projeto e à sua chefia.

São eles: 

Grupo de Disciplinas de Projeto de Edificações, abrangendo a área de projeto de edificação/arquitetura 

Grupo de Disciplinas de Planejamento Urbano e Regional, abrangendo as seguintes áreas: planejamento regional, planejamento urbano, desenho urbano e planejamento setorial. 

Grupo de Disciplinas de Programação Visual, abrangendo as seguintes áreas: planejamento visual urbano , planejamento gráfico, percepção ambiental, comunicação visual e, ambiental, imagem e representação. 

Grupo de Disciplinas de Desenho Industrial, abrangendo as seguintes áreas: projeto do produto, design do produto industrial relacionado aos sistemas de objetos, desenho industrial relacionado à edificação, sistemas de objetos, design ambiental, cultura material e industrialismo. 

Grupo de Disciplinas de Paisagem e Ambiente, abrangendo as áreas de planejamento paisagístico e ambiental e arquitetura paisagística, planejamento paisagístico/ambiental e arquitetura da paisagem. 

O Departamento de Projeto – AUP é responsável por 43 disciplinas obrigatórias (19 no curso de Arquitetura e Urbanismo e 24 no curso de Design) e 78 disciplinas optativas (64 no curso de Arquitetura e Urbanismo, 9 no curso de Design e 3 optativas intercursos), totalizando 119 disciplinas junto à graduação.

Atualmente seu corpo docente é constituído por 61 professores efetivos, sendo 01 Auxiliar de Ensino, 37 Professores Doutores, 13 Professores Associados e 10 Professores Titulares. Destes professores, 41 estão em Regime de Dedicação Integral à Docência e à Pesquisa (RDIDP), 19 em Regime de Turno Completo (RTC) e 02 em Regime de Turno Parcial (RTP). O Departamento conta, ainda, com 06 Professores Doutores contratados por tempo determinado, em Regime de Turno Parcial. (Dados de março/2019.

 
O AUP tem se orientado para estar sempre atualizado com relação à pesquisa e extensão no campo do projeto de arquitetura e do urbanismo, incorporando com agilidade avanços tecnológicos, e procurando satisfazer a demanda atual e futura. As pesquisas têm os seguintes procedimentos: atividades de estúdio; análises de projetos e planos; processamento gráfico manual ou através de computador; processamento de imagens em fotografia e vídeo; estudos bibliográficos, execução de modelos e protótipos – tanto na oficina como na da computação gráfica; pesquisa de campo – especialmente em áreas urbanas de São Paulo ou externas à cidade.
 
O AUP tem captado recursos em agências de fomento tais como CNPq, Capes, Fapesp, Finep, CCI-
USP e CCint-USP, Pró-Reitoria de Pesquisa da USP, assim como ajuda de prefeituras e secretarias
para desenvolvimento de seus projetos de pesquisa e extensão. As pesquisas dividem-se da seguinte forma:
 
– Projetos em equipe: complexos, visando um estudo amplo de assuntos ligados à área de atuação do departamento, envolvendo equipes de pesquisadores (professores ou não) e financiamentos externos à universidade. 
 
– Projetos individuais: de investigação sobre assuntos ligados à área de atuação do departamento,
baseados principalmente em estudos bibliográficos e iconográficos e contando eventualmente com o auxílio de bolsistas.
 
Estes dois níveis de pesquisa abrangem projetos destinados à livre-docência, mestrado e doutorado, bolsas PAE, iniciação científica e aperfeiçoamento. Conta ainda, de acordo com as possibilidades oferecidas pelo Regulamento da USP, com as seguintes estruturas:

Laboratórios de pesquisa: estruturas novas, ora em implantação, que objetivam congregar estudos e pesquisas afins, gerenciar projetos de porte e desenvolver atividades de apoio à comunidade e incentivar o surgimento de novas equipes. Existem em funcionamento onze laboratórios: 

• QUAPÁ – Quadro do Paisagismo no Brasil (antigo LABPA – Laboratório de Paisagem)
• LABCIDADE – Laboratório do Espaço Público e Direito à Cidade (antigo LABESPAÇO)
• LABCOM – Laboratório de Comércio e Cidade
• LABDESIGN – Laboratório de Design do Produto e do Ambiente Construído
• LABHAB – Laboratório de Habitação e Assentamentos Humanos
• LABINDUS – Laboratório da Industrialização
• LABPARC – Laboratório da Paisagem, Arte e Cultura
• LABPLAN – Laboratório de Planejamento Urbano e Regional
• LABPROJ – Grupos de Pesquisa: Projeto de Arquitetura de Infraestruturas Urbanas Fluviais e Projeto de Arquitetura de Equipamentos Públicos
• LABVERDE – Laboratório Verde
• LABVISUAL – Laboratório de Pesquisa em Design Visual 

O LABIM – Laboratório da Imagem da Comunicação Visual Urbana foi desativado em 2013, em função da aposentadoria do Prof. IssaoMinami.

O LABNAV – Laboratório de Design e Tecnologia das Embarcações e de seus Sistemas de Apoio Operacional – foi desativado em função da aposentadoria do Prof. Júlio Maia de Andrade, em 2013.

Os NAPs – Núcleos de Apoio à Pesquisa visam congregar pesquisadores oriundos de diversas áreas do conhecimento em projetos de pesquisa com objetivos comuns. O Departamento de Projeto apoia os Núcleos:

• NAPPLAC– Núcleo de Apoio à Pesquisa, Produção e Linguagem do Ambiente Construído

NUTAU – Núcleo de Pesquisa em Tecnologia da Arquitetura e Urbanismo da Universidade de São Paulo

O Departamento de Projeto, seguindo as diretrizes curriculares do MEC fez, depois de um intenso e longo trabalho de discussão interna, uma reforma total da grade curricular do curso de arquitetura e urbanismo de modo a atualizar procedimentos e conteúdos, em busca de uma resposta às novas exigências feitas pela realidade da arquitetura nacional e para possibilitar condições mais expressivas de desenvolvimento ao corpo docente. Esta teve como objetivos gerais: 
. revisão de conteúdos e métodos de ensino 
. revisão da grade curricular 
de modo a corrigir definitivamente os seguintes pontos: excesso de disciplinas cursadas, sobreposição de conteúdos; baixa relação professor/aluno, curta duração das disciplinas; inexistência de tempo para atividades programadas ou complementares individuais de cada aluno. 
Estes estudos levaram à redução do número de disciplinas obrigatórias, mantendo e revisando os conteúdos atuais, que passaram a ser 19 ao invés de 46. Estas inseridas em uma nova grade dividida em quatro ciclos de atividades: Ciclo Básico; Ciclo Concentração; Ciclo Projeto; TFG – Trabalho Final de Graduação. 

Ciclo Básico: Com duração de cinco semestres, objetiva introduzir o aluno aos fundamentos do projeto, dentro das cinco áreas de conhecimento do Departamento de Projeto. Os outros quatro semestres são ocupados por disciplinas obrigatórias das cinco áreas de conhecimento do AUP com uma carga horária equitativa entre si. As disciplinas têm programas indicados como básicos para a formação do arquiteto e urbanista e se desenvolvem de uma maneira sequenciada e programada entre si e por área de conhecimento. 

Ciclo Concentração: Com duração de dois semestres, objetiva aprofundar os conhecimentos adquiridos no ciclo básico, com ênfase nos campos do projeto do edifício e do planejamento urbano. 

Ciclo Projeto: Com duração de dois semestres, objetiva permitir ao aluno desenvolver projeto de seu interesse em qualquer área de conhecimento do departamento e/ou participar de projetos de caráter interdisciplinar. Para tanto são oferecidas disciplinas específicas das áreas do AUP: Programação Visual (PV), Projeto de Edificações (PR), Paisagem e Ambiente (PA), Desenho Industrial (DI), Planejamento Urbano e Regional (PL) e também disciplinas que englobem interesses mais amplos, não vinculadas a nenhuma área especificamente. Este ciclo, que será uma etapa preparatória ao Trabalho Final da Graduação (TFG), permite um trabalho bastante individualizado. Neste ciclo os trabalhos não deverão ser realizados em equipe. 

TFG – Trabalho Final de Graduação: Constará de um projeto individual, dentro dos moldes do atual TGI, que poderá ser desenvolvido a partir do 8º semestre. A sua finalização deverá ser feita idealmente no 10º semestre. 

A estrutura curricular do curso de Design é composta por quatro sequências, que constituem os eixos condutores do curso: História do Design, Projeto do Produto (Desenho Industrial), Projeto Visual e Tecnologia do Design. A primeira corresponde ao Departamento de História, a segunda e a terceira ao Departamento de Projeto, e a quarta ao Departamento de Tecnologia.

A ênfase do curso está voltada à prática projetual, entendida em seu sentido mais amplo, incorporando desde as dimensões teóricas e históricas até as questões tecnológicas colocadas pela produção. Para isso, conta com o apoio e a participação permanente de docentes dos Departamentos de História da Arquitetura e Estética do Projeto (AUH) e de Tecnologia da Arquitetura (AUT) da FAU USP, bem como de professores vinculados à ECA (Escola de Comunicações e Artes), Poli (Escola Politécnica) e FEA (Faculdade de Economia, Administração e Contabilidade) da USP.

O projeto é, por definição, um espaço inter, multi e transdisciplinar. Nesse aspecto, os cursos de arquitetura e de design têm o privilégio de não precisarem criar artifícios curriculares para estabelecer vínculos entre as disciplinas, uma vez que é da natureza da prática projetual esse aspecto tão perseguido pelas atuais diretrizes educacionais.

As disciplinas de projeto são o principal espaço em que ocorrem as contribuições das diversas áreas do conhecimento. Essas contribuições podem se dar de duas formas: por meio de participações pontuais de docentes de outras áreas, nos momentos mais adequados a essa troca de saberes, definidos pelo andamento dos projetos; ou pela participação permanente de um docente de outra área, orientando e discutindo o andamento dos projetos. É também por essa razão que essas disciplinas têm o dobro da carga de horas-aula: elas devem obrigatoriamente incluir as dimensões teóricas, históricas e tecnológicas mais diretamente relacionadas aos projetos em desenvolvimento.

Nos últimos 20 anos foram expressivas as conquistas em termos de conteúdos dentro das áreas de conhecimento do departamento. Este fato se deu em função do intenso trabalho de aprimoramento conceitual e metodológico de professores/pesquisadores, tanto no ateliê, como na pesquisa propriamente dita, produzindo uma evolução positiva do ato de projetar nas suas diversas escalas de ação, dos artefatos visuais e objetos ao edifício e ao território urbano-regional. Este aprimoramento indicou os rumos a serem tomados, pois permitiu uma visão crítica do conjunto de conteúdos aplicados, levando à tomada de dois posicionamentos básicos: a) A revalorização do ato de projetar em ateliê, como um ato de pesquisa, de laboratório – uma atividade experimental. b) A revisão dos enfoques fundamentais, como de projeto para a formação do arquiteto, do urbanista e do designer.